Dit watergebied is ontstaan door een van de eerste ingrepen van de Zuiderzeewerken. In 1924 werd de Amsteldiepdijk aangelegd: een dijk die het voormalige eiland Wieringen verbond met het vasteland van de Anna Paulowapolder. Hierdoor werd het Amsteldiep afgesloten van zee en veranderde het gebeid in het huidige Amstelmeer, een relatief zoet en dieper binnenmeer. Door de diepte, wind en open ligging is dit gebied bijzonder geschikt voor geschikt is voor windsurfen en kitesurfen.
Voordat de Amsteldiepdijk werd aangelegd en het Amstelmeer zijn huidige vorm kreeg, lag hier de vaarroute tussen Wieringen en het vasteland. De Postboot voer jarenlang tussen De Haukes op Wieringen en Van Ewijcksluis in de Anna Paulownapolder. In tegenstelling tot wat de naam doet vermoeden, werd met de boot niet alleen post vervoerd. Ook passagiers, vracht en zelfs vee werden er mee van en naar het vasteland vervoerd.
Door de ligging nabij de Waddenzee heeft het meer een grote rol voor wadvogels. Het rustige binnenwater is een goede plek waar duizenden vogels uitwijken naar uitwijken wanneer het op het wad hoogwater is. In 2025 is er een bijzonder natuurproject afgerond aan de noordwestelijke kant van het Amstelmeer. Ondiep geworden vaargeulen zijn uitgebaggerd en de vrijkomende bagger is hergebruikt voor de inrichting van de eilanden, deze dienen als hoogwatervluchtplaats en broedeilanden. Wadvogels zoals de kluten, tureluren, visdieven en de lepelaars kunnen hier veilig rusten, broeden en foerageren. De steile wand met overhellende rand voorkomt dat roofdieren zoals vossen en bruine ratten het eiland opklimmen en eieren of pulletjes opeten.
