Het Zijper Museum is hét startpunt om de geschiedenis van “De Zijpe” te ontdekken. De bezoeker maakt er op een moderne manier kennis met een waaier van wetenswaardigheden over deze oude polder. In de vaste opstelling brengen objecten, kaarten, filmpjes en animaties de geschiedenis van deze polder in beeld. Onderdelen daarvan worden in tijdelijke exposities nader uitgewerkt. Met de Niestadt-Collectie en de Collectie Ter Beziens heeft het museum uniek historisch fotomateriaal in huis. Door een uitgebreide bibliotheek, vele digitale bronnen en online beeldmateriaal fungeert het Zijper Museum ook als informatiecentrum.
Buiten de vaste openingstijden is het museum vaak open voor fotomiddagen, filmvoorstellingen, e.d. Deze worden op de website en in de lokale media vermeld.